专项设立首席科学家、专项总体组、专家委员会和专项管理办公室，严格按照《中国科学院战略性先导科技专项管理办法》与《中国科学院战略性先导科技专项经费管理办法》进行管理。参加专项研究工作的各个单位接受专项领导小组、首席科学家、专项管理办公室和各级科技主管部门的管理、监督和检查。专项依托中国科学院南京地质古生物研究所，负责专项的组织实施。各参加单位接受专项依托单位的统一布置、管理、协调，并向专项依托单位负责，提交研究成果。